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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  47 lines
  1. ******************************
  2. * DNA photolyases signatures *
  3. ******************************
  4.  
  5. Deoxyribodipyrimidine photolyase (EC 4.1.99.3) (DNA photolyase) [1,2] is a DNA
  6. repair enzyme. It   binds to UV-damaged DNA containing  pyrimidine dimers and,
  7. upon absorbing  a  near-UV photon (300 to 500 nm), breaks the cyclobutane ring
  8. joining  the  two pyrimidines  of  the  dimer.  There  are  two classes of DNA
  9. photolyases,  both  of which contain reduced FADH2 as a choromophore-cofactor.
  10. In addition,  the folate  class  contains 5,10-methenyltetrahydrofolate (5,10-
  11. MTFH) and  the deazaflavin  class contains an oxidized 8-hydroxy-5-deazaflavin
  12. derivative  (F420) as the  second chromophore.  The  folate  class enzymes are
  13. exemplified by  Escherichia coli and yeast photolyases, the deazaflavin class
  14. by the  Anacystis   nidulans and  Streptomyces griseus enzymes. The folate  or
  15. deazaflavin chromophore  appears  to  function as  an antenna, while the FADH2
  16. chromophore is thought to be responsible for electron transfer.
  17.  
  18. The Arabidopsis  protein  HY4  [3],  which  is  a blue-light photoreceptor, is
  19. structurally related to DNA photolyases.
  20.  
  21. There are a number of conserved sequence regions in all known DNA photolyases,
  22. especially in  the  C-terminal  part.  We  selected  two  of  these regions as
  23. signature patterns.
  24.  
  25. -Consensus pattern: T-G-x-P-[LIVM](2)-D-A-x-M-R-x-[LIVM]
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28.  
  29. -Consensus pattern: [DN]-R-x-R-[LIVM](2)-x-[STA](2)-F-[LIVMF]-x-K-x-L-x(2,3)-
  30.                     W-R
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33.  
  34. -Note: a  goldfish  visible  light-induced  photolyase [4] does not seem to be
  35.  related to the family of proteins described here.
  36.  
  37. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  38.  
  39. [ 1] Sancar G.B., Sancar A.
  40.      Trends Biochem. Sci. 12:259-261(1987).
  41. [ 2] Jorns M.S.
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  43. [ 3] Ahmad M., Cashmore A.R.
  44.      Nature 366:162-166(1993).
  45. [ 4] Yasuhira S., Yasui A.
  46.      J. Biol. Chem. 267:25644-25647(1992).
  47.